サブディレクトリがあるパッケージでは，最上位のMakefile.amでビル
ドするサブディレクトリをAutomakeに伝える必要があります．これは
SUBDIRS変数によってなされます．
SUBDIRS変数は，さまざまな種類のビルドが行われるサブディレクトリ
のリストを保持しています．生成されているMakefile内の多くのター
ゲットに対するルールは(例えばall)，ローカルと指定されたすべての
サブディレクトリの両方で実行されます．SUBDIRSでリストアップされ
ているディレクトリには，Makefile.amを含んでいる必要がないことに
注意してください．(configure後の)Makefileだけが必要です．こうす
ることで，(gettextのようなもので，Third-Party Makefiles
も参照して下さい)Automakeを使用しないパッケージからライブラリを含める
ことが可能になります．
サブディレクトリを使用しているパッケージでは，最上位の Makefile.amは非常に短いことが多くなっています．例えば，GNU Hello 配布物のMakefile.amは以下のようになっています．
EXTRA_DIST = BUGS ChangeLog.O README-alpha
SUBDIRS = doc intl po src tests
Automakeがmakeをサブディレクトリで呼び出すとき，MAKE変数
の値を使用します．それは，変数AM_MAKEFLAGSの値をmakeの呼
び出しに渡します．これで，常にmakeに渡す必要があるフラグを
Makefile.amで設定することが可能になります．
SUBDIRSで記述されているディレクトリは，通常，現在のディレクトリ
の直接の子ディレクトリになっていて，それぞれのサブディレクトリには，そ
れより不快サブディレクトリを示すSUBDIRSを示している，独自の
Makefile.amが含まれています．この方法で任意の深さのパッケージ構
成で，Automakeを使用することがが可能になります．
デフォルトで，Automakeはpostfixの順序での最初の深さで動作する
Makefileを生成します．サブディレクトリはカレントディレクトリの
前にビルドされます．しかし，この順序を変更することは可能です．
SUBDIRSに`.'を書くことでこうすることが可能です．例えば，
`.'を最初に書くことで，ディレクトリの`prefix'の順序になりま
す．
以下を使用します．
SUBDIRS = lib src . test
これでlib/がsrc/の前にビルドされ，そしてカレントディレク トリがビルドされ，最後にtest/ディレクトリがビルドされるでしょう． 構成されたものをテストするので，テストディレクトリを他のすべての後にビ ルドするように手配するのは一般的です．
すべての`clean'ルールは，ビルドルールの逆の順序で実行されます．